超高速でNGS解析 DRAGEN（3）

皆さんはHudsonAlphaという研究機関をご存知でしょうか？
え？　知ってて常識？
私もそんなに詳しくは知らないし、知り合いもいないのですが、色んな意味ですごいところだそうです。

2008年にアメリカ・アラバマ州に設立された、非営利のバイテク専門研究機関。

現在のプレジデントは、スタンフォード大学・Human Genome Centerの部長だった、Richard M. Myers博士。

そこのシークエンスセンターには、HiSeq Xが8台、HiSeq2500が7台、HiSeq2000が5台、MiSeqが少々、それとNextSeqがあるそうです。

まさに、イルミナオールスターズ！

これらの機械を動かし、データを処理している職員が何と、たった10人（うち1人は事務）！

ここは受託機関のようなところなので、顧客は全世界に約700箇所あり、製薬会社やバイオテック企業が含まれているとのこと。

クリニカルシーケンスのブームもあってか、今年は15,200～15,500ゲノムを読むことになるだろうと予測しているらしい。

さて、そんなところで解析はどうやっているのかというと、超高速ゲノム解析パイプライン、DRAGENを使用しているとのこと。

記事の原文はここ
この中に、DRAGENをカードと表現しているところがあります。
そしてこんなくだりも
 “As it comes from Edico, it’s just an appliance,” Levy notes. “It doesn’t have any front end in front of it that actually feeds it. It’s like if you thought you were buying a car, but the car manufacturer delivered you an engine.”
（Levyさんはこのシークエンスセンターのひとです）
つまり、このときは、DRAGENのボードだけを販売していたので、「車（サーバ）買ったのにエンジン（ボード）が送られてきたようなもの」と表現しているのです。

私もそのころ（今年上半期まで）を知っているのですが、ボードだけを売るのは無理がある。
これはアメリカでもそうだったのでしょう。
今は、サーバにボードを組み込んで、サーバごと販売する方式に変わりました。
日本でもサーバセットで販売します。

HudsonAlphaでは、このGenomic Service Laboratoryのほかにも、患者さんの全ゲノムシークエンスをしている、CLIA認定のClinical Services Laboratoryにて、DRAGENが導入されているそうです。

ヒトゲノム30xの、FASTQ→VCFまでが28分でできる。

これは結構、解析スピードにインパクトを与えるのではないでしょうか？

さて、日本でも、いよいよ超高速ゲノム解析が必要となる時代が来ます。

前回に引き続き、

価格とかトライアルとかについて知りたい！　という方は是非、ご連絡下さい。

まだ弊社のホームページは準備されていないので、私宛のメール宛てにお願いします。

ken_osakiあdigital-biology.co.jp　「あ」を@に変えて下さい

トライアルは無料ですよ！
速さ、精度、まずはやってみるに限ります。
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